فرشید باقری به دلیل آنچه درگیری با بازیکنان خودی در رختکن بین دو نیمه بازی با پرسپولیس خوانده شده است از حضور در تمرین های این تیم منع شده است و با وجود اینکه شفر قبل و بعد از بازی با ماشین سازی و البته با یک نامه رسمی به باشگاه درخواست کرده که این بازیکن به تمرین ها برگردد، هنوز اجازه بازگشت این بازیکن از سوی مدیران باشگاه صادر نشده است.
این موضوع نشان می دهد که محرومیت باقری تنها به درگیری او در رختکن بر نمی گردد بلکه احتمالا در جلسه روز هشتم فروردین امیرحسین فتحی با بازیکنان استقلال اتفاق هایی افتاده است که مدیرعامل باشگاه از بازگو کردن آن خودداری می کند، اما احتمالا در محرومیت فرشید باقری از حضور در تمرین ها نقش مهمتری از درگیری با بازیکنان این تیم در رختکن داشته است.
شفر هم چندین بار اعلام کرده است که برای بازی با الهلال به فرشید باقری نیاز دارد: به عنوان یک باشگاه شما بازیکن را به این صورت جریمه نمی کنید که تیم را از خدمات او محروم کنید. اگر نمی خواهید با بازیکنی ادامه بدهید وقتش آخر فصل است نه الان، آخر فصل می شود با نظر جمعی در مورد آینده تصمیم گرفت اما الان زمان تنبیه بازیکن نیست. من در این پست بازیکن دیگری ندارم و اگر علی کریمی مصدوم شود عملا دست مان خالی خواهد بود. آن هم درست در شرایطی که 7 بازی حساس و یک تقویم فشرده منتظر ما است.
سرمربی استقلال در مورد درگیری باقری در رختکن با بازیکنان استقلال گفت: فرشید باقری یک بازیکن احساساتی و خوش اخلاق است و همه می دانند چقدر از اتفاق هایی که افتاده ناراحت است. من شهادت می دهم بعد از اتفاق هایی که افتاد او گریه کرد چون از حرف هایی که زده بود، پشیمان شده بود. شفر در پاسخ به این سوال که می گفت چرا با وجود اصرارش امیرحسین فتحی با نظرش مخالفت می کند هم گفت: این یک مساله درون خانگی است که من ترجیح می دهم در موردش حرف نزنم.
